Ensamble de novo del genoma de Pleurotus pulmonarius LBM 105

Name: Ensamble de novo del genoma de Pleurotus pulmonarius LBM 105
License: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Keywords: GENOME

Datos de investigación

Ensamble de novo del genoma de Pleurotus pulmonarius LBM 105

Autores: Chelaliche, Anibal Sebastian Icon

; Andreiu, Erika María Martha; Benitez, Silvana Florencia Icon

; Alvarenga, Adriana Elizabet Icon

; Zapata, Pedro Dario Icon

; Fonseca, Maria Isabel Icon

Publicador: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas

Fecha de depósito: 13/03/2023

Fecha de creación: 03/02/2023

Clasificación temática:

Biología Celular, Microbiología

Resumen

Here we present the de novo whole-genome assembly of the White-rot fungus Pleurotus pulmonarius LBM 105. The genome was assembled and annotated using the CLC workbench. Published in Mendeley data: https://data.mendeley.com/drafts/mbsx5b8vhm

Métodos

The DNA was obtained from a 5 day mycellia grown on a liquid Malt Extract media using the protocol proposed by Fonseca et al. 2015. The DNA was sent to Macrogen, Korea for its sequencing. The reads were obtained using an Illumina Hiseq 3000 plataform. The quality of the reads was assessed using the FASTqc software. The CLC workbench and the CLC finishing module was used for the assembly and anotation of the genome. The de novo assembly was made using a 250 bubble size, a 40 word size, and a Minimun Contig Lenght of 1000. The annotations were extracted from a Pleurotus pulmonarius reference genome (PM_ss13_v1) using an annotation overlap and identity fraction of 0,8.

Palabras clave: GENOME, PLEUROTUS, WHITE ROT, DE NOVO ASSEMBLY

Previsualización destacada

Identificador del recurso

URI: http://hdl.handle.net/11336/190343

Colecciones

Datos de Investigación(CCT - NORDESTE)
Datos de Investigación de CTRO.CIENTIFICO TECNOL.CONICET - NORDESTE

Citación

Chelaliche, Anibal Sebastian; Andreiu, Erika María Martha; Benitez, Silvana Florencia; Alvarenga, Adriana Elizabet; Zapata, Pedro Dario; Fonseca, Maria Isabel; (2023): Ensamble de novo del genoma de Pleurotus pulmonarius LBM 105. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/190343

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