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dc.date.available
2023-05-02T19:50:27Z
dc.identifier.citation
Chelaliche, Anibal Sebastian; Alvarenga, Adriana Elizabet; Zapata, Pedro Dario; Fonseca, Maria Isabel; (2023): Análisis de expresión diferencial de Pleurotus pulmonarius LBM 105 durante la degradación de PCBs. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/196038
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/196038
dc.description.abstract
These files represent an early stage of the expression analysis of the white rot fungi Pleurotus pulmonarius LBM 105 during PCBs degradation in liquid culture. We have already proven that this fungal strain is capable of achiving high percentages of PCBs removal in nitrogen-limited liquid media (doi: doi.org/10.1016/j.chemosphere.2020.129093). The data we present here was obtained by mapping the RNA reads of the strain LBM 105 obtained from two different conditions (a PCBs-containing condition and a control one) against the GCA_2979565.1 genome. For the mapping and the read count regarding each gene we used the Geneious software V 8.0.
dc.rights
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.title
Análisis de expresión diferencial de Pleurotus pulmonarius LBM 105 durante la degradación de PCBs
dc.type
dataset
dc.date.updated
2023-02-17T21:08:05Z
dc.description.fil
Fil: Chelaliche, Anibal Sebastian. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Alvarenga, Adriana Elizabet. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Zapata, Pedro Dario. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.description.fil
Fil: Fonseca, Maria Isabel. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.datacite.PublicationYear
2023
dc.datacite.Creator
Chelaliche, Anibal Sebastian
dc.datacite.Creator
Alvarenga, Adriana Elizabet
dc.datacite.Creator
Zapata, Pedro Dario
dc.datacite.Creator
Fonseca, Maria Isabel
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales. Departamento de Bioquímica Clínica. Laboratorio de Biotecnología Molecular
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.subject
Biotecnología Medioambiental
dc.datacite.subject
Biotecnología del Medio Ambiente
dc.datacite.subject
INGENIERÍAS Y TECNOLOGÍAS
dc.datacite.date
31/08/2021
dc.datacite.DateType
Creado
dc.datacite.language
eng
dc.datacite.AlternateIdentifierType
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.17632/7jkcb4mn9z.1
dc.datacite.version
1.0
dc.datacite.description
The total RNA extraction was made from fresh mycelium of P. pulmonairus LBM 105 obtained from a nitrogen limited liquid media (see: doi.org/10.1016/j.chemosphere.2020.129093). The mycelium was then homogenized using liquid nitrogen. The homogenate was then suspended on 500 μl of buffer (Tris 0.1 M, EDTA 0.02M, Guanidinium thiocyanate 4 M, Tritón X-100 1% ). The homogenate was then centrifugated at 12000 rpm for 10 min at 4 °C and the supernatant was resuspended in a same volume of Phenol. After Centrifugation (12000 rpm for 2 min at 4 °C) 300 μl of chloroform was added. After another step of centrifugation (12000 rpm for 2 min at 4 °C) the supernatant was recovered and 150 μl of Potassium Acetate 3 M was added. After centrifugation (12000 rpm for 5 min at 4 °C) a same volume of isopropanol was used for precipitation of the supernatant. After 1 hour at -4 °C the sample was centrifugated (12000 rpm for 10 min at 4 °C) and the pellet was recovered and washed using 500 μl abosulte ethanol. The pellet was resuspended in sterile water. The RNA library was then made using Illumina TruSeq stranded total RNA with Ribo-Zero Gold and the sequencing plataform was Illumina NovaSeq6000, 100PE. The obtained reads were assessed for quality with FastQC. The reads were then mapped to each conting of the GCA_2979565.1 genome using the Geneious V 8.0 software using three iterations. Finally, using the same software, for each gene the total read count was obtained as well as the normalization of those counts.
dc.datacite.DescriptionType
Métodos
dc.subject.keyword
Transcriptome
dc.subject.keyword
Pleurotus pulmonarius
dc.subject.keyword
Mycoremediation
dc.subject.keyword
PCB
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset
dc.conicet.datoinvestigacionid
5406
dc.conicet.justificacion
Proviene de una cepa fúngica que fue tomada del cepario del laboratorio de biotecnología molecular de misiones.
dc.datacite.formatedDate
2021
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