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dc.date.available
2023-09-20T18:28:25Z
dc.identifier.citation
Ramirez, Martin Javier; Grismado, Cristian José; (2023): Paranita, a new genus of spiders from northeastern Argentina (Araneae, Trachelidae): Phylogenetic datasets for phylogenetic analyses, and phylogenetic trees. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/212403
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/212403
dc.description.abstract
Alignments of 6 DNA markers and morphological data for the phylogenetic analysis of teh genus Paranita. For the phylogenetic analysis, we composed a dataset combining eight traditional target markers from the analysis of Wheeler et al. (2017) (12s, 16s, 18s, 28s, co1, H3), plus sequences from other sources and new co1 sequences for P. paulae (BOLD CORAR075, GenBank OR515542, MACN-Ar 30271) and Trachelopachys sericeus (BOLD SPDAR1264-15, GenBank OR515543, MACN-Ar 34546). Some markers were retrieved as bycatch from Sequence Read Archive (SRA) phylogenomic sequences (see publication for details). We used the morphological data accumulated in the datasets of Azevedo et al. (2022a) and Ramírez (2014). The analyses under maximum likelihood were made with IQ-TREE 2.2.0 (Minh et al. 2020). Models for each target-gene were selected by Bayesian information criterion with ModelFinder (Kalyaanamoorthy et al. 2017). The models selected for the sequence data were as follows: TIM2+F+G4 (12s and 16s), TNe+R2 (18s, co1-2, h3-1, h3-2), GTR+F+I+G4 (28s), GTR+F+I+G4 (co1-1), GTR+F+I+G4 (co1-3), GTR+F+I+G4 (h3-3). The morphological data was partitioned into two datasets, one with the unordered characters, another with the ordered ones, and analyzed with the Mk and Mk-ordered models, respectively, both with correction for ascertainment bias for the absence of invariant characters. Prior to analysis, all invariant characters were removed, and polymorphic entries were replaced by missing entries. The branch support was estimated with 1000 rounds of ultrafast bootstrap (Hoang et al., 2018). The analyses under maximum parsimony were made with TNT v 1.6 (Goloboff & Catalano, 2016) under equal weights using an exact search of implicit enumeration. Branch support was measured with 1000 rounds of jackknifing, representing frequencies over the optimal tree. See publication for references and details.
dc.rights
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.title
Paranita, a new genus of spiders from northeastern Argentina (Araneae, Trachelidae): Phylogenetic datasets for phylogenetic analyses, and phylogenetic trees
dc.type
dataset
dc.date.updated
2023-09-20T16:55:04Z
dc.description.fil
Fil: Ramirez, Martin Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina
dc.description.fil
Fil: Grismado, Cristian José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina
dc.rights.embargoDate
2024-09-01
dc.datacite.PublicationYear
2023
dc.datacite.Creator
Ramirez, Martin Javier
dc.datacite.Creator
Grismado, Cristian José
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.subject
Zoología, Ornitología, Entomología, Etología
dc.datacite.subject
Ciencias Biológicas
dc.datacite.subject
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.datacite.ContributorType
DataCollector
dc.datacite.ContributorName
Carboni, Martín Federico
dc.datacite.date
01/03/2023-01/09/2023
dc.datacite.DateType
Creado
dc.datacite.language
eng
dc.datacite.AlternateIdentifierType
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.8348985
dc.datacite.version
1.0
dc.datacite.description
DNA alignments, morphological data and phylogenetic tree
dc.datacite.DescriptionType
Información Técnica
dc.datacite.FundingReference
2745-2019-PICT
dc.datacite.FunderName
Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva. Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica. Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica
dc.subject.keyword
Dionycha
dc.subject.keyword
phylogenetics
dc.subject.keyword
taxonomy
dc.subject.keyword
South America
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset
dc.conicet.datoinvestigacionid
13387
dc.datacite.awardTitle
Biogeografía integrativa de arácnidos neotropicales
dc.datacite.geolocation
Argentina
dc.datacite.formatedDate
2023
Archivos del conjunto de datos
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12s.fas
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2.871Kb
ParanitaTOT_contree
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28s.fas
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variant_unordered.phy
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variant_ordered.phy
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co1.fas
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18s.fas
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22.56Kb
h3.fas
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4.342Kb
ParanitaTOT_contree_cutoff_70_treefile
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1Kb
MergedTOT.tnt
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173.3Kb
16s.fas
Embargado hasta 01-09-2024
5.755Kb