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dc.date.available
2024-06-28T12:25:18Z
dc.identifier.citation
Carrere Gómez, Manuela; Baricalla, Agustin Ariel; Federico, Maria Laura; (2024): Sorghum bicolor: Variantes estructurales (SV) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/238580
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/238580
dc.description.abstract
Identificación de variantes estructurales en el genotipo de sorgo dulce SS79 y sorgo granífero M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani y Friedt, 2011), re-secuenciados en un Illumina Novaseq 6000, utilizando las herramientas BreakDancer v.1.4.5 (Chen et al., 2009) y CNVpytor v.1.3.1 (Suvakov et al., 2021). El genoma utilizado como referencia fue BTx623 v.3.1.1. El impacto funcional de los polimorfismos se evaluó utilizando SNPeff v.4.3 (Cingolani et al., 2012). Structural variations identified in the sweet sorghum genotype SS79 and grain sorghum M71 (Shiringani et al, 2010; Shiringani and Friedt, 2011), re-sequenced on an Illumina Novaseq 6000, using BreakDancer v.1.4.5 (Chen et al., 2009) and CNVpytor v.1.3.1 (Suvakov et al., 2021). The reference genome used was BTx623 v.3.1.1. The functional impact of SNPs and Indels was evaluated using SNPeff v.4.3 (Cingolani et al., 2012).
dc.rights
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rights.uri
https://opendatacommons.org/licenses/by/1-0/
dc.title
Sorghum bicolor: Variantes estructurales (SV) de los genotipos SS79 y M71 y sus impactos estimados
dc.type
dataset
dc.date.updated
2024-06-28T09:52:49Z
dc.description.fil
Fil: Carrere Gómez, Manuela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Baricalla, Agustin Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentina
dc.description.fil
Fil: Federico, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
dc.rights.embargoDate
2025-03-03
dc.datacite.PublicationYear
2024
dc.datacite.Creator
Carrere Gómez, Manuela
dc.datacite.Creator
Baricalla, Agustin Ariel
dc.datacite.Creator
Federico, Maria Laura
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.subject
Biotecnología Agrícola y Biotecnología Alimentaria
dc.datacite.subject
Biotecnología Agropecuaria
dc.datacite.subject
CIENCIAS AGRÍCOLAS
dc.datacite.date
17/03/2023
dc.datacite.DateType
Creado
dc.datacite.language
eng
dc.datacite.version
1.0
dc.relationtype.isSourceOf
https://ri.conicet.gov.ar/handle/11336/237921
dc.subject.keyword
SV
dc.subject.keyword
Sorgo
dc.subject.keyword
SS79
dc.subject.keyword
M71
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset
dc.conicet.datoinvestigacionid
18380
dc.conicet.justificacion
Se trata del archivo resultante de la utilización de una herramienta bioinformática.
dc.datacite.formatedDate
2023
Archivos del conjunto de datos
Archivo
Notas de uso
Tamaño
Breakdancer_SNPeff_SS79.vcf
Embargado hasta 03-03-2025
5.263Mb
Breakdancer_SNPeff_M71.vcf
Embargado hasta 03-03-2025
4.541Mb
SNPeff_CNVpytor_SS79_1000.vcf
Embargado hasta 03-03-2025
588.0Kb
SNPeff_CNVpytor_M71_1000.vcf
Embargado hasta 03-03-2025
508.9Kb