Mostrar el registro sencillo del ítem
dc.date.available
2025-01-15T09:46:50Z
dc.identifier.citation
Nardi, Cristina Fernanda; Veyñ, Marianela; Chalde, Tomás; (2025): Environmental DNA Metabarcoding in Freshwater Environments of Tierra del Fuego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/252528
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/11336/252528
dc.description.abstract
This resource provides information on a fish biodiversity assessment conducted using eDNA metabarcoding in freshwater environments of Tierra del Fuego, Argentina. Data includes sequences obtained from Illumina sequencing and a local reference database with sequence information on the 12S rRNA mitochondrial gene (including de novo sequences from local fish fauna).
dc.rights
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.rights.uri
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
dc.title
Environmental DNA Metabarcoding in Freshwater Environments of Tierra del Fuego
dc.type
dataset
dc.date.updated
2025-01-15T09:43:25Z
dc.description.fil
Fil: Nardi, Cristina Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Recursos Naturales y Ambiente; Argentina
dc.description.fil
Fil: Veyñ, Marianela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; Argentina
dc.description.fil
Fil: Chalde, Tomás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas; Argentina
dc.rights.embargoDate
2025-04-30
dc.datacite.PublicationYear
2025
dc.datacite.Creator
Nardi, Cristina Fernanda
dc.datacite.Creator
Veyñ, Marianela
dc.datacite.Creator
Chalde, Tomás
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.affiliation
Universidad Nacional de Tierra del Fuego. Instituto de Ciencias Polares, Recursos Naturales y Ambiente
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas
dc.datacite.affiliation
Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental
dc.datacite.affiliation
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Austral de Investigaciones Científicas
dc.datacite.publisher
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.subject
Conservación de la Biodiversidad
dc.datacite.subject
Ciencias Biológicas
dc.datacite.subject
CIENCIAS NATURALES Y EXACTAS
dc.datacite.date
05/10/2022-29/12/2023
dc.datacite.DateType
Creado
dc.datacite.language
eng
dc.datacite.version
1.0
dc.datacite.description
A local freshwater fish reference database was developed by amplifying a fragment of approximately 700 bp of the 12S mitochondrial gene. DNA samples available from the CADIC tissue collection were amplified using a combination of the primers MiFish-U-F (5’GTCGGTAAAACTCGTGCCAGC3’) (Miya et al., 2015) and Teleo_R (5’CTTCCGGTACACTTACCATG3’) (Valentini et al., 2016). Sampling sites for biodiversity assessment through eDNA metabarcoding were selected across four basins in Tierra del Fuego: Grande Basin, Azopardo Basin, Lapataia Basin, and Almanza Basin. Three replicates of water samples were collected from each basin. Following eDNA extraction, high-throughput sequencing was performed using the Illumina MiSeq platform (300 bp paired-end run) with two sets of universal primers (MiFish-U and Teleo).
dc.datacite.description
12S_refDB.txt This file is the local reference database used for the eDNA metabarcoding downstream analysis. It includes 12S mitochondrial gene sequences of fish species present in freshwater environments of Tierra del Fuego, including de novo sequences from local individuals. MiFish-U reads.zip Teleo reads.zip Both folders contain sequences obtained from the Illumina sequencing. One folder corresponds to sequences generated using MiFish-U primers, while the other contains sequences from the Teleo primers. Each basin is represented by six files: three biological replicates per basin, with each replicate sequenced twice due to the paired-end sequencing approach. Negative controls were also sequenced. Abbreviations used for sampling sites and universal primers: R1: replicate 1 R2: replicate 2 R3 replicate 3 GB: Grande Basin AzB: Azopardo Basin LB: Lapataia Basin AlB: Almanza Basin MiF: MiFish-U Cneg: Negative Control of Amplification
dc.datacite.DescriptionType
Métodos
dc.datacite.DescriptionType
Otro
dc.datacite.FundingReference
PICT-2021-GRFTI-00711
dc.datacite.FundingReference
PIBAA 28720210100256CO
dc.datacite.FundingReference
PIDUNTDF B 02-2021
dc.datacite.FunderName
Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva. Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica. Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica
dc.datacite.FunderName
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
dc.datacite.FunderName
Universidad Nacional de Tierra del Fuego
dc.subject.keyword
eDNA METABARCODING
dc.subject.keyword
NATIVE FISH SPECIES
dc.subject.keyword
ALIEN FISH SPECIES
dc.datacite.resourceTypeGeneral
dataset
dc.conicet.datoinvestigacionid
22882
dc.datacite.awardTitle
Observatorio de Biodiversidad en el Canal Beagle: Implementación del metabarcoding de ADN ambiental para el estudio de comunidades marinas
dc.datacite.awardTitle
Estudio de la biodiversidad íctica en Tierra del Fuego a través de ADN ambiental: en búsqueda de nuevas especies
dc.datacite.awardTitle
Preparación de una base de datos de referencia para estudios de ADN ambiental metabarcoding en Tierra del Fuego
dc.datacite.geolocation
Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur
dc.datacite.formatedDate
2022-2023
Archivos del conjunto de datos
Archivo
Notas de uso
Tamaño