SNPs filtrados e imputados de 280 árboles de Eucalyptus dunnii genotipados por ddRADseq y EuChip60K, de familias OP australianas implantadas en Argentina

Abstract

Se analizaron datos genómicos de 280 individuos de Eucalyptus dunnii pertenecientes a una población de mejoramiento compuesta por 72 familias de polinización abierta, principalmente de origen australiano y establecidas en Entre Ríos, Argentina. El ADN fue extraído de hojas liofilizadas y genotipado mediante dos tecnologías complementarias: 1.ddRADseq: Se aplicó un protocolo optimizado para la especie, generando 13 bibliotecas secuenciadas en una plataforma Illumina NextSeq 500. Los SNPs fueron llamados usando Stacks v1.48 con referencia al genoma de E. grandis v2.0, aplicando filtros de calidad y parámetros específicos para especies diploides. 2.EUChip60K: El mismo conjunto de individuos fue genotipado con el microarreglo EUChip60K. Los SNPs fueron reclasificados mapeando las sondas al genoma de E. grandis v2.0 para asegurar la compatibilidad con los datos de ddRADseq. Ambos conjuntos de datos fueron sometidos a control de calidad mediante PLINK y VCFtools, filtrando individuos con alta proporción de datos faltantes, heterocigosidad extrema o relaciones genéticas inesperadas. También se filtraron SNPs con baja frecuencia alélica (MAF < 0.01). Posteriormente, los datos faltantes fueron imputados con LinkImpute.