Genomas mitocondriales antiguos de la Patagonia costera: Estructura poblacional y dispersión humana en el Cono Sur: alineamientos

Abstract

Alineamientos de de genomas mitocondriales completos de los haplogrupos C1 y D1 de individuos humanos antiguos y/o actuales de diferentes partes de América. Éstos fueron utilizados para realizar las reconstrucciones filogenéticas de redes de haplotipos, Máxima Verosimilitud y Bayesianas de la publicación titulada "Genomas mitocondriales antiguos de la Patagonia costera: estructura poblacional y dispersión humana en el Cono Sur" publicada en la revista Journal of Archaeological Science: Reports. Descripción de los archivos: -C1_antiguos_filogenias-120_ali_edit.fasta: Alineamiento de 119 mitogenomas C1 de individuos antiguos de América, más el genoma de referencia RSRS. Metadatos de las secuencias: Tabla S2. -C1_antiguos_network-117_ali_edit.fasta: Alineamiento de 117 mitogenomas C1 de individuos antiguos de América. Metadatos de las secuencias: Tabla S2. -C1_antymod_filogenia_reducida-250_ali_edit.fasta: Alineamiento de 249 mitogenomas C1 de individuos antiguos y actuales de América, más el genoma de referencia RSRS. Metadatos de las secuencias: Tabla S8. -C1_antymod_filogenias-613_ali_edit.fasta: Alineamiento de 612 mitogenomas C1 de individuos antiguos y actuales de América, más el genoma de referencia RSRS. Metadatos de las secuencias: Tabla S6. -C1_antymod_network-170_ali_edit.fasta: Alineamiento de 170 mitogenomas C1 de individuos antiguos y actuales del Cono Sur de América (Bolivia, Chile, Uruguay, Paraguay y Argentina). Metadatos de las secuencias: Tabla S4. -D1_antiguos_filogenias-48_ali_edit.fasta: Alineamiento de 47 mitogenomas D1 de individuos antiguos de América, más el genoma de referencia RSRS. Metadatos de las secuencias: Tabla S3. -D1_antiguos_network-47_ali_edit.fasta: Alineamiento de 47 mitogenomas D1 de individuos antiguos de América. Metadatos de las secuencias: Tabla S3. -D1_antymod_filogenias-283_ali_edit.fasta: Alineamiento de 282 mitogenomas D1 de individuos antiguos y actuales de América, más el genoma de referencia RSRS. Metadatos de las secuencias: Tabla S7. -D1_antymod_network-143_ali_edit.fasta: Alineamiento de 143 mitogenomas D1 de individuos antiguos y actuales del Cono Sur de América (Bolivia, Chile, Uruguay, Paraguay y Argentina). Metadatos de las secuencias: Tabla S5. Alignments of complete mitochondrial genomes of haplogroups C1 and D1 from ancient and/or present-day human individuals from different parts of the Americas. These were used to perform phylogenetic reconstructions of haplotype networks, Maximum Likelihood and Bayesian analyses for the publication entitled “Ancient mitochondrial genomes from Coastal Patagonia: population structure and human dispersal in the Southern Cone” published in the Journal of Archaeological Science: Reports. Description of the files: -C1_antiguos_filogenias-120_ali_edit.fasta: Alignment of 119 C1 mitogenomes from ancient individuals from the Americas, plus the RSRS reference genome. Sequence metadata: Table S2. -C1_antiguos_network-117_ali_edit.fasta: Alignment of 117 C1 mitogenomes from ancient individuals from the Americas. Sequence metadata: Table S2. -C1_antymod_filogenia_reducida-250_ali_edit.fasta: Alignment of 249 C1 mitogenomes from ancient and contemporary individuals from the Americas, plus the RSRS reference genome. Sequence metadata: Table S8. -C1_antymod_filogenias-613_ali_edit.fasta: Alignment of 612 C1 mitogenomes from ancient and contemporary individuals from the Americas, plus the RSRS reference genome. Sequence metadata: Table S6. -C1_antymod_network-170_ali_edit.fasta: Alignment of 170 C1 mitogenomes from ancient and present-day individuals from the Southern Cone of America (Bolivia, Chile, Uruguay, Paraguay, and Argentina). Sequence metadata: Table S4. -D1_antiguos_filogenias-48_ali_edit.fasta: Alignment of 47 D1 mitogenomes from ancient individuals from the Americas, plus the RSRS reference genome. Sequence metadata: Table S3. -D1_antiguos_network-47_ali_edit.fasta: Alignment of 47 D1 mitogenomes from ancient individuals from the Americas. Sequence metadata: Table S3. -D1_antymod_filogenias-283_ali_edit.fasta: Alignment of 282 D1 mitogenomes from ancient and contemporary individuals from the Americas, plus the RSRS reference genome. Sequence metadata: Table S7. -D1_antymod_network-143_ali_edit.fasta: Alignment of 143 D1 mitogenomes from ancient and contemporary individuals from the Southern Cone of the Americas (Bolivia, Chile, Uruguay, Paraguay, and Argentina). Sequence metadata: Table S5.