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Datos de investigación

Matriz molecular concatenada del marcador nuclear ITS y de los marcadores cloroplastidiales matK, rbcL y atpB para determinar la ubicación filogenética de Pycnophyllum macropetalum y probar la monofilia del genero Pycnophyllum

Autores: Acosta, Juan ManuelIcon ; Zanotti, Christian AlejandroIcon
Publicador: Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
Fecha de depósito: 26/02/2024
Fecha de creación: 2023/2023
Clasificación temática:
Ciencias de las Plantas, Botánica

Resumen

REDESCUBRIMIENTO Y CONFIRMACIÓN DE LA PRESENCIA DE PYCNOPHYLLUM MACROPETALUM (CARYOPHYLLACEAE) PARA LA FLORA ARGENTINA Pycnophyllum macropetalum Matff. is a species originally described for the Andes of Chile which has also been collected in Bolivia and in Argentina. Presence of P. macropetalum in Argentina is based on a single sterile specimen collected in 1945. For these reason and because P. macropetalum is morphologically very similar to P. molle, the species was excluded from the Argentinian flora; however, recently, a population of P. macropetalum has been located in the province of Jujuy (Argentina). Therefore, the objective of this work is to describe and to illustrate this species, to provide environmental notes about the habitat where it was found, and to provide a map of the geographic distribution of the species for Argentina, Bolivia and Chile. Furthermore, based on molecular analyzes of the collected specimen, the morphological identification is corroborated, and the monophyly of the genus is confirmed. Finally, a dichotomous key is provided to differentiate the four Pycnophyllum species recorded in Argentina.

Métodos

Los análisis filogenéticos se llevaron a cabo tanto para los marcadores individuales como para el conjunto concatenados; se emplearon las metodologías de Máxima Parsimonia (MP) y Máxima Verosimilitud (MV). Las secuencias de cloroplasto (matK, rbcL y atpB) combinadas en una matriz y la nuclear (ITS) fueron analizadas por separado para evaluar posibles conflictos topológicos entre ellas. Debido a la ausencia de incongruencias para los clados con alto soporte, se procedió al análisis del conjunto concatenado. En todos los casos, los gaps fueron tratados como datos faltantes. El análisis de MP se realizó utilizando el programa TNT v.1.1 (Goloboff et al., 2008). La búsqueda de las topologías óptimas se llevó a cabo mediante búsquedas heurísticas con 10000 réplicas de adición al azar (“random addition sequences”, RAS), intercambio de ramas por TBR (“tree-bisection-and-reconnection”), y guardando 10 árboles por réplica. Los árboles óptimos obtenidos fueron sujetos a una nueva ronda de intercambio de ramas por TBR hasta encontrar las topologías más parsimoniosas. El árbol de consenso estricto fue obtenido por búsqueda heurística. Los valores de apoyo de los nodos se estimaron mediante análisis de Bootstrap Support (BS) con 10000 réplicas de 10 secuencias de adición al azar, guardando 10 árboles por réplica. Los análisis de MV se llevaron a cabo utilizando el programa RAxML v.8.0.0 (Stamatakis, 2014). El algoritmo implementado permite ejecutar búsquedas de árboles óptimos y obtención de valores de apoyo de ramas [i.e., “bootstrap support” (BS)] en un único análisis (Felsenstein, 1985; Stamatakis et al., 2008); para ello fueron ejecutadas 1000 réplicas de BS con una búsqueda posterior del árbol de máxima verosimilitud.
Palabras clave: Argentina, Caryophyllaceae, phylogeny, Pycnophyllum
Previsualización destacada
Identificador del recurso
URI: http://hdl.handle.net/11336/228296
Colecciones
Datos de Investigación(IBODA)
Datos de Investigación de INST.DE BOTANICA DARWINION (I)
Citación
Acosta, Juan Manuel; Zanotti, Christian Alejandro; (2024): Matriz molecular concatenada del marcador nuclear ITS y de los marcadores cloroplastidiales matK, rbcL y atpB para determinar la ubicación filogenética de Pycnophyllum macropetalum y probar la monofilia del genero Pycnophyllum. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. (dataset). http://hdl.handle.net/11336/228296
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Las buenas prácticas científicas esperan que se otorgue el crédito adecuado mediante una citación. Utilice un formato de citación y aplique estas normas de reutilización.
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1-Caryophyllaceae-Pycnophyllum-ITS-cloroplastos-RI-CONICET.txt
Matriz molecular alineada de los marcadores moleculares utilizados en el análisis filogenético con RAxML y TNT. Al final del archivo está indicado la ubicación de la secuencia de cada marcador en la matriz para particionar por marcador  Más
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